覚醒研究所で覚醒をするとキャラがいなくなってしまいますか

はい、覚醒研究所で覚醒を行うと、メインのキャラ以外は吸収されてなくなってしまいます。

プレイしていると同じキャラが、何枚も出てくることがありますので自分が使うキャラ以外は、吸収合併と言う形で合成(覚醒)させちゃっていいと思います。

レベル1の子をメイン(1枚目に選ぶ)に選ぶと合成に使う子がレベル7でもレベル1で出来上がります。

自分が使っている強くさせたいキャラを1枚目に持ってきて、他のキャラを吸収させてしまいましょう。